mirror of
https://github.com/Kxsso/jcutmirror.git
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mirrorId: bioconductor
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Bioconductor 为高通量基因组数据的分析和可视化提供开源工具。Bioconductor 多数软件包采用 R 统计编程语言开发。Bioconductor 每年释出两个版本，并有活跃的用户社区。
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使用方法：[Bioconductor](https://www.bioconductor.org/) 镜像源配置文件之一是 `.Rprofile`（linux 下位于 `~/.Rprofile`, Windows 下位于 `~\library\base\R\Rprofile`）。
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在文末添加如下语句或在 R/RStudio 终端下键入：
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```R
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options(BioC_mirror="https://mirrors.jcut.edu.cn/bioconductor")
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```
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即可使用该 Bioconductor 镜像源安装 Bioconductor 软件包。命令如下：
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```R
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if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
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install.packages("BiocManager")
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BiocManager::install("$package_name")
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```
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### 离线使用
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如果您的网络环境处于校内但无法访问公网，在完成下列步骤后，即可正常使用 Bioconductor 镜像。
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1. 确保 BiocManager 的版本不低于 `1.30.12`。
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2. 使用一台可以访问公网的设备，访问 [https://bioconductor.org/config.yaml](https://bioconductor.org/config.yaml) 下载 `config.yaml`，并将该文件拷贝到 BiocManager 所在的校内设备上。然后，在 `~/.Rprofile` 添加如下配置：
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```R
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options(
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BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = "file:///path/to/config.yaml" # config.yaml 所在的路径
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)
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``` |